感染是急危重症患者死亡的主要原因之一。近年来,随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加,感染的发病率和死亡率仍居高不下,脓毒症(严重感染)患者病死率高达50%。最新调查研究发现,中国脓毒症相关性标化死亡率为66.7例/10万人口,全国每年共有脓毒症相关性死亡病例近103万例。重症感染起病急、进展快、病原体复杂,短时间内能否明确致病病原微生物至关重要。
基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next generation sequencing,mNGS)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,然后与数据库进行比对分析,根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类,能够快速、客观的检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),且无需特异性扩增,尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断,对脓毒症、免疫抑制宿主并发严重感染、重症肺部感染等疾病具有较高的临床应用价值。mNGS敏感性高于传统培养、在结核/真菌/病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显、抗菌药物使用对mNGS的影响小于传统培养,根据检测结果可以调整抗菌药物的治疗方案;在病毒和细菌诊断方面mNGS阳性率高于传统方法3倍以上,对免疫抑制宿主感染的病原体诊断具有重要的参考价值,同时mNGS比传统方法具有更高的阴性预测值。
根据目前的临床经验、研究结果和mNGS技术的优势,推荐mNGS在急危重症感染患者中应用的主要适应症:①病情危重需要尽快明确病原体;②特殊病人如免疫抑制宿主、合并基础疾病、反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体;③传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳;④疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性;⑤疑似特殊病原体感染;⑥长期发热和/或伴有其他临床症状、病因不明的感染。符合以上适应症的患者,应尽快送标本进行检测。
检测流程:
主要参考文献:
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用专家共识组. 宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识. 中华急诊医学杂志, 2019, 28(2): 151-155.
Rhodes A, Evans LE, Alhazzani W, et al. Surviving Sepsis Campaign: International Guidelines for Management of Sepsis and Septic Shock: 2016[J]. Intensive Care Med, 2017, 43(3): 304-377.
张翠云, 柴舟, 杨芳. 急诊科患者医院感染的易感因素及病原菌分析[J]. 中华医院感染学杂志, 2014, 24(2): 380-382.
Weng L, Zeng XY, Yin P, et al. China Critical Care Clinical Trials Group (CCCCTG). Sepsis-related mortality in China: a descriptive analysis[J]. Intensive Care Med, 2018, 44(7): 1071-1080.
张晖, 弓孟春, 徐军, 等. 中国精准急诊医学的应用体系规划探索[J]. 中华急诊医学杂志, 2016, 25(10): 1219-1223.
Goldberg B, Sichtig H, Geyer C, et al. Making the leap from research laboratory to clinic: challenges and opportunities for next-generation sequencing in infectious disease diagnostics[J]. Mbio, 2015, 6(6): e01888-15.